Aplikacja jest do pobrania w zakładce Pomoc systemu SIIS. Po skopiowaniu aplikacji i umieszczeniu jej w dedykowanym katalogu należy ją uruchomić klikając na ikonę aplikacji lub wywołać z linii poleceń.
Jeżeli po uruchomieniu, dostępna będzie nowsza wersja aplikacji, należy zezwolić na pobranie aktualizacji, a po jej zakończeniu nacisnąć przycisk Zakończ aktualizację.
Większe zmiany w aplikacji mogą wymagać ponownego uruchomienia programu. Użytkownik zostanie o tym poinformowany odpowiednim komunikatem. Jest to niezbędne do prawidłowego działania programu, więc należy zezwolić na wykonanie tej czynności.
W przypadku, gdy aplikacja miniSIIS zostanie uruchomiona na komputerze, na którym użytkownik nie posiada uprawnień administratora, zostanie wyświetlony komunikat o braku możliwości przeprowadzenia automatycznej aktualizacji. Należy wówczas zamknąć otwartą aplikację i uruchomić ją ponownie, jako administrator lub kliknąć w napis "Pobierz aktualizacje", będący bezpośrednim odnośnikiem do operacji pobrania nowej wersji aplikacji miniSIIS ze strony internetowej.
Do prawidłowego działania aplikacji potrzebny się m.in. zestaw słowników i danych TERYT przechowywanych w specjalnym pliku app_data.db. Jest on pobierany w procesie aktualizacji i powinien znajdować się w tym samym katalogu, w którym uruchamiana jest aplikacja miniSIIS.
Poprawnie uruchomiona aplikacja zawiera m.in. następujące elementy:
Ikony skrótów umożliwiają szybki dostęp do wybranych funkcjonalności: